2014年6月21日，李宁被捕，成为1949年以来中国第一个被逮捕的院士。两次庭审之间，他在看守所等待了四年零四个月。 “通过假发票留用经费的事曾经很普遍，科研经费管理制度的僵化导致了这种现象。”一位熟悉高校科研经费管理制度的人士表示，正是因为原有制度不合理，才有2014年国务院相关调整政策的出现。 一审法院表示，判决已经考虑到科研经费管理制度的调整，对检方指控李宁、张磊贪污的金额进行了核减。

杭州中院近日对浙江大学教授陈英旭进行宣判，认定其贪污945万余元，以犯贪污罪判处有期徒刑10年，并处没收财产20万元。陈英旭被控授意其博士生陆续以开具虚假发票、编造虚假合同等手段，将1022.6646万元专项科研经费套取或者变现非法占为己有。

审计署审计长刘家义２３日向十一届全国人大常委会第十五次会议作审计报告时指出，一些中央部门及所属单位仍存在违反财经制度规定的问题，涉及金额３４．８４亿元，其中接受和使用虚假发票列支问题比较普遍。此次抽查５６个中央部门已报销的２９３６３张可疑发票中，有５１７０张为虚假发票，列支金额为１．４２亿元。

在这一系列偷逃税案中，主要作案手法有4种：购买使用伪造的税务机关代开发票，购买使用伪造的普通发票，开具发票上下联不一致的“大头小尾”票，跨地区使用发票。