对于尚在襁褓中的新事物，初到浙江的包祖明指出，“阿里金融模式这一新生事物在世界上不曾出现过，实现商业模式向金融模式的转变并不容易，其中会涉及不少问题，风险值得重视。” 2013年，银行业监管检查分析平台（EAST）研发成功，包祖明深度参与了研发。目前，EAST系统已更新至第五代，是国家金融监督管理总局加强银行业和保险业监管的重要基础设施之一。 在浙江工作期间，包祖明特别重视将普惠金融创新的“浙江实践”成果升华为理论。包祖明到任深圳不久，2024初，深圳金融监管局联合相关部门印发《关于做好深圳科技金融大文章的实施意见》，提出18条具体举措。

为加强对全国金融工作的集中统一领导，改变一些地区中央金融机构权力旁落，1997年11月召开的第一次全国金融工作会议上，决定成立国家金融机构系统党委，撤销人民银行省级分行，成立跨区分行。 经过25年发展，跨省大区分行制度与金融业发展现状、金融监管需求已不适应，实践中也已形同虚设。改革跨省大区分行制度，恢复按行政区划的省级分行，已形成共识。 现在回归省分行设置并非简单回到1998年的设置。结合国家金融监督管理总局等机构改革措施，这些变化是朝着更加国际化的金融监管“双峰”模式迈出的一步，即一个机构负责市场行为和消费者保护，另一个机构专注于金融体系稳定和货币政策，加强机构监管、功能监管、行为监管。