此轮洪灾中，部分地区水位很高，厕所、牲畜棚圈被水淹没后，人和动物的粪便、动物的尸体都可能污染水源，或是进入家庭污染食物。为避免灾后疫病流行，河北、吉林、黑龙江多地已开展疫情防控行动。 2000年到2010年之间，全球多个国家（地区）在洪灾后曾暴发传染病，最常见的是腹泻、登革热、钩端螺旋体病（钩体病）。洪灾后的传染病主要分为三种传播类型，分别是水源性/食源性传染病、病媒传播疾病和空气/接触传播的传染病。 一旦出现呕吐、腹泻、腹痛、发热，或进食困难、脱水表现，需及时就医。如果家庭内或是共同进餐、饮水的人都出现了类似症状，就要考虑食物或水源被污染，需及时上报，由专业部门来调查处理。

洪都拉斯流行疾病控制部门２日证实，洪首都特古西加尔巴地区发现了４例钩端螺旋体病（钩体病）疑似病例。