两年前，《马达加斯加3》以极其欢乐闹腾的方式为这个系列圆满收官。狮王亚历克斯、斑马马蒂、长颈鹿麦尔曼以及河马格洛丽亚的癫狂四兽组合也成为了那个夏天动画迷们最为津津乐道的话题。更有意思的是，不仅影片的几位主角火了，就连本是为了插科打诨供大伙儿一乐的企鹅“四贱客”也跟着红了，风头甚至有盖过主角们的态势。于是乎，瞅准商机的梦工厂便趁热打铁，就有了如今的这部外传《马达加斯加的企鹅》。

超级特工队不是天生的……他们是——孵出来的。一同来看看在这场全球特工行动中，老大（Skipper），科斯基（Kowalski），瑞哥（Rico）和菜鸟（Private）这几个再伟大又再搞笑不过的特工企鹅们到底藏了什么秘密。这些精英中的精英现在正和一个看上去很专业的特工组织“北风”合作。这个组织由高大帅气的特工领导（本尼迪克特·康伯巴奇 Benedict Cumberbatch 配音）。他们必须联手打败大坏蛋布莱恩博士（约翰·马尔科维奇 John Malkovich 配音），阻止他毁灭世界！